Мероприятия по оздоровлению и восстановлению рек, озёр и водохранилищ с каждым годом охватывают всё больше регионов. В рамках национального проекта «Экология», который реализуется по поручению Президента России Владимира Путина, Федеральное агентство водных ресурсов участвует в проектах «Сохранение уникальных водных объектов» и «Оздоровление Волги». В 2019-2023 гг. на выполнение их мероприятий Росводресурсы направили 17,8 млрд рублей. Целевые показатели, закрепленные за Агентством по обоим направлениям, достигнуты с превышением плана.